תכניות לתואר שלישי מתקיימות בחוגים הבאים:

       
 חוגים עם תואר שלישי (*)
הפקולטה למדעי הרוחהפקולטה למדעי החברההפקולטה לניהולהפקולטה למדעי הטבעהפקולטה למשפטיםהפקולטה למדעי הרווחה ובריאותהפקולטה לחינוך
ארכיאולוגיה בית הספר למדעי המדינהמנהל עסקיםביולוגיה אבולוציונית וסביבתיתהפקולטה למשפטיםבית הספר לבריאות הציבורחינוך מיוחד
היסטוריה כלליתגאוגרפיה ולימודי סביבהניהול מידע וידע ביולוגיה של אדם ביה"ס לטיפול באמצעות אמנויותחינוך מתמטי
לימודי המזרח התיכון והאסלאםכלכלהניהול משאבי טבע וסביבה ביולוגיה ימית  בית הספר לעבודה סוציאלית ייעוץ והתפתחות האדם
לימודי ישראלמדעי המחשב מדעים גיאו-ימיים בריאות נפש קהילתיתלמידה, הוראה והדרכה
לימודי אסיה מערכות מידע מתמטיקה הפרעות בתקשורת לקויות למידה
לשון עבריתסוציולוגיה  סגול לנוירוביולוגיה  מדעי הזיקנה – גרונטולוגיהמנהיגות ומדיניות בחינוך
ספרות עברית והשוואתיתסטטיסטיקה   סיעוד 
פילוסופיהפסיכולוגיה   ריפוי בעיסוק 
ציוויליזציות ימיותתקשורת   שירותי אנוש 
שפה וספרות אנגלית      
שפה וספרות ערבית      
תולדות ישראל  (היסטוריה של עם ישראל, מחשבת ישראל ומקרא)       
תולדות האמנות      
התכנית ללימודי גרמניה ואירופה המודרנית      
       
לימודי דוקטורט במסגרת הוועדה הכלל אוניברסיטאית     
הוועדה הכלל אוניברסיטאית לתלמידי מחקר תדון ותכריע בעניינים הקשורים לקבלת מועמדים ללימודי תואר שלישי ומסלול ישיר לדוקטורט בדיסציפלינה אשר אין לה עיגון במסגרת אחת מתכניות הדוקטור החוגיות הקיימות באוניברסיטה. כמו כן, תדון הוועדה במועמדים אשר עומדים בתנאי הקבלה, אך הרקע הדיסציפלינרי שלהם אינו עומד בדרישות הקבלה של אחת מתכניות הדוקטור החוגיות הקיימות באוניברסיטה ובמקרים חריגים אחרים. לוועדה הכלל אוניברסיטאית לתלמידי מחקר תהיה סמכות זהה לסמכות הוועדה החוגית בכל הנוגע לאישור מנחה עבודת הדוקטור, זהות חברי הוועדה המלווה, מהלך הלימודים והמחקר,  בחירת שופטי עבודת הדוקטור, אישור הזכאות לתואר, וכיו"ב.