תכניות לתואר שלישי מתקיימות בחוגים הבאים:
הפקולטה למדעי הרוח
ארכאולוגיה
היסטוריה כללית
לימודי המזרח התיכון והאסלאם
לימודי ישראל
לימודי אסיה
לשון עברית
ספרות עברית והשוואתית
פילוסופיה
ציוויליזציות ימיות
שפה וספרות אנגלית
שפה וספרות ערבית
תולדות ישראל (היסטוריה של עם ישראל, מחשבת ישראל ומקרא)
תולדות האמנות
התכנית ללימודי גרמניה ואירופה המודרנית
אסיה
הפקולטה למדעי החברה
בית הספר למדעי המדינה
ביה"ס למנהל עסקים
ניהול משאבי טבע וסביבה
מדעי המחשב
מערכות מידע
סוציולוגיה
פסיכולוגיה
תקשורת
התכנית הבינתחומית בהתפתחות הילד
גאוגרפיה ומדעי הסביבה
כלכלה
ביה"ס למדעי הים ע"ש צ'רני
ביולוגיה ימית
מדעים גיאו-ימיים
סטטיסטיקה
הפקולטה למדעי רווחה ובריאות
בית הספר לבריאות הציבור
ביה"ס לטיפול באמצעות אמנויות
בית הספר לעבודה סוציאלית
בריאות נפש קהילתית
הפרעות בתקשורת
מדעי הזיקנה – גרונטולוגיה
סיעוד
ריפוי בעיסוק
שירותי אנוש
החוג לפיזיותרפיה
הפקולטה למשפטים
הפקולטה לחינוך
חינוך מיוחד
חינוך מתמטי
ייעוץ והתפתחות האדם
מדעי הלמידה וההוראה
לקויות למידה
מנהיגות ומדיניות בחינוך
לימודי דוקטורט במסגרת הוועדה הכלל אוניברסיטאית
הוועדה הכלל אוניברסיטאית לתלמידי מחקר תדון ותכריע בעניינים הקשורים לקבלת מועמדים ללימודי תואר שלישי ומסלול ישיר לדוקטורט בדיסציפלינה אשר אין לה עיגון במסגרת אחת מתכניות הדוקטור החוגיות הקיימות באוניברסיטה. כמו כן, תדון הוועדה במועמדים אשר עומדים בתנאי הקבלה, אך הרקע הדיסציפלינרי שלהם אינו עומד בדרישות הקבלה של אחת מתכניות הדוקטור החוגיות הקיימות באוניברסיטה ובמקרים חריגים אחרים. לוועדה הכלל אוניברסיטאית לתלמידי מחקר תהיה סמכות זהה לסמכות הוועדה החוגית בכל הנוגע לאישור מנחה עבודת הדוקטור, זהות חברי הוועדה המלווה, מהלך הלימודים והמחקר, בחירת שופטי עבודת הדוקטור, אישור הזכאות לתואר, וכיו"ב.
